موسوی که آن زمان نخست وزیر حضرت آیت الله خامنه ای بود، طی مصاحبه ای در تاریخ 5/2/1361 در پاسخ به این سوال که "نظر شما در مورد توطئه ای که توسط بیگانگان و به دست قطب زاده طرح ریزی شده بود، چیست؟" سخنانی را در این باره مطرح کرده و می گوید: "برنامه قطب زاده و هم دستان توطئه گرش بسیار برنامه ای کودکانه بود، اگر از جنبه های ساده لوحانه این طرح خائنانه بگذریم، آن چه برای من تعجب آور است این است که چگونه قطب زاده اطمینان داشت که در صورت موفقیت در اجرای اهداف پست خود می تواند بر مردم حاکم شود."

وی که امروز جامه مخالفت با تشخیص جامعه مدرسین حوزه علمیه قم مبنی بر عزل صانعی را بر تن کرده، در آن روزگار نظری مخالف این داشت و به حمایت از عزل شریعتمداری برخواسته و اظهار می کند: "ملت ما چهره امثال او [قطب زاده و شریعتمداری] را شناخته و جریانات وابسته به اغیار غیر اسلامی را به خوبی شناخته است. ملتی که به خاطر ارزش‌ها قیام کرده است هنگامی که ارزش های متعالی را در شخصی متبلور می یابد از او پیروی می کند و بر عکس زمانی که ارزش‌های غیر انسانی را در شخصی ببیند؛ گرچه آن فرد در لباس مقدس روحانیت ملبس باشد، ملت او را طرد و از صحنه برای همیشه خارج خواهد ساخت

پس از پایان انتخابات ریاست جمهوری دهم و اعلام نتایج، زهرا رهنورد همسر نامزد شکست خورده انتخابات در مصاحبه ای با شبکه بی بی سی فارسی با ارائه تحلیلی قومیتی اذعان داشت که امکان ندارد مردم ترک به فرزند خود و مردم لر به داماد خود رای ندهند، این در حالی است که میرحسین موسوی در آن سال‌ها به طور کامل این تحلیل ها را رد کرده و تاکید می کند که این گونه تحلیل ها تنها در تصور آمریکایی ها می گنجد و در یک مقایسه این طرز تفکر را شبیه نظر مستشرقین جاسوس توصیف می کند.

وی در این باره می گوید: "در گذشته در تبریز در خانه و مدرسه به ما یاد می دادند چرا پیامبر اکرم را دوست دارید ما می گفتیم به خاطر خدا، یعنی حب ما به پیامبر عظیم و عزیز و به آن انسان کامل و معصوم، از محبت به خدا سرچشمه می گرفت و می گیرد، البته آمریکا و ایادی او غیر از این فکر می کنند. آنها تصور می نمایند که هنوز می توان با تکیه بر انگیزه های شرک آلود ناسیونالیستی و ملی گرایی در کشور، بحرانی را به وجود آورد، ولی ملت مسلمان ما از جمله برادران و خواهران آذربایجانی ما اگر از یک مرجع تقلید می کنند بدین خاطر نیست که همشهری آنهاست."